پس از اعلام شیوع ویروس کرونا در کشور از سوی وزارت بهداشت، بیمارستان‌های‌ آیت‌الله خوانساری و ولیعصر (عج) اراک در لیست بیمارستان‌های مرجع رسیدگی به این بیماری قرار گرفتند که با کاهش مبتلایان از اواسط اردیبهشت این بیمارستان‌ها به کاربری قبل خود برگشتند. با خیزش مجدد کرونا و افزایش مبتلایان، بیمارستان امیرالمومنین (ع)برای پذیرش بیماران کرونایی آماده شد و در حال حاضر ظرفیت فضای مختص این بیماران در بیمارستان تکمیل شده است. ۲۴ تخت اورژانس سرپایی، سه بخش درمانی با ظرفیت ۹۶ تخت و یک بخش ICU با ۱۲ تخت مختص بیماران کرونایی است که در شرایط کنونی تقریبا تمام این تخت‌ها پر است.